Vom Kreuzgang her ist das Klostermuseum zugänglich. Unter der reichhaltigen Sammlung von Kultgeräten und Paramenten des 16. bis 18. Jahrhunderts ist der Silbertabernakel von Hans Peter Staffelbach und Hans Georg Ott erwähnenswert.
Ein kleiner Teil des einstigen Klosterschatzes ist im Museum ausgestellt. Während der Zeit der französischen Okkupation 1798 und 1841 bei der Klosteraufhebung durch den Kanton wurde der grössere Teil des Klosterschatzes in alle Winde zerstreut.
Mit der Schaffung des Klostermuseums gelang es der Kulturstiftung St. Martin die Hauptstücke des Klosterschatzes zu sammeln und der Öffentlichkeit zugänglich zu machen.